​الأمين العام للإيكاو هو رئيس الأمانة العامة والمسؤول التنفيذي الأول في المنظمة ويضطلع بالمسؤولية عن التوجيه العام لأعمال الأمانة العامة. ويتولى الأمين العام قيادة موظفين دوليين متخصّصين يعملون في مجال الطيران المدني الدولي. ويشغل الأمين العام منصب أمين مجلس الإيكاو وهو مسؤولٌ أمام المجلس ككلّ، ووفقاً للسياسات المعمول بها، فهو يضطلع بالمهام الموكلة إليه من قِبل المجلس ويقدّم إلى المجلس التقارير الدورية عن التقدّم المُحرز في أنشطة الأمانة العامة.

 

أما الأمانة العامة فتـتكوَّن من خمس إدارات رئيسية: إدارة الملاحة الجوية، وإدارة النقل الجوي، وإدارة التعاون الفني، وإدارة الشؤون القانونية والعلاقات الخارجية، وإدارة الشؤون الإدارية والخدمات. والأمين العام مسؤولٌ أيضاً بشكل مباشر عن الإدارة وأداء العمل الفعَّال للأنشطة الموكَلة إلى مكتب الأمين العام في مجالات المالية، والتخطيط الاستراتيجي، والتنسيق والشراكات، والرقابة الداخلية، والأخلاقيات، بالإضافة إلى سبعة مكاتب إقليمية.