يُنتخب رئيس مجلس الإيكاو لمدة ثلاث سنوات من قبل الدول الست والثلاثين المُنتخَبة لعضوية مجلس الإيكاو، ويمكن إعادة انتخابه لولاية إضافية واحدة.

السيد توشيوكي أونوما هو الرئيس السابع والحالي لمجلس الإيكاو، وقد تم انتخابه في 2025/11/26 لفترة ثلاث سنوات بدءاً من 2026/1/1.

يُنتخب رئيس المجلس بناءً على خبراته الدولية ورؤيته في مجال الطيران المدني الدولي، ويتمثل دوره في المقام الأول في تيسير الوصول إلى توافق الآراء خلال المداولات الدبلوماسية بين الدول الست والثلاثين التي لها حق التصويت في المجلس.

ويتولّى مكتب الرئيس مسؤولية طائفة واسعة من المهام المتعلقة بتنظيم عمل المجلس وإدارته، كما يدير العلاقات العامة والخارجية للمنظمة بالتعاون مع مكتب الأمين العام للإيكاو.